未だ戦闘の証拠がほとんどない弥生時代早期にさかのぼること（福岡県江辻遺跡、同那珂遺跡群など）、受傷人骨などの事例から戦乱が頻発したと考えられる前期後半?中期前半、特に中期初頭以降の北部九州ではむしろ環濠集落の事例は少ないこと、しばしば環濠を掘削する際に排出された土を利用して環濠の外側に盛り土をした痕跡のある事例が報告されているが、環濠の外側に盛り土をすることによって、外敵を有利にしてしまう（外敵は、盛り土を矢避けにしたり、盛り土の上から攻撃できる）ことなどから、環濠集落と戦乱とを直接的に関連づける、すなわち環濠集落を防衛集落と考える研究者は最近では少なくなってきており、それよりは、環濠を掘削するという大規模な土木作業を共同で行うことによって共同体の結束を高めることが目的であったとか、環濠によって集団を囲い込むことによって集団意識を高めることが目的であったなどといった議論も提出されてきている。
しかしながら、弥生時代後期の高地性集落にしばしば環濠が掘削されていること、環濠内に逆茂木（さかもぎ）と呼ばれる防御施設が設置された事例が認められること（愛知県朝日遺跡など）などから、環濠自体に防御的な機能を持たせた事例が存在することもまた明らかであり、環濠の性格については地域・時期によって異なる意味づけを持たせるべきではないかといった主張は説得力がある。
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一方、やはり古くから防衛集落と目されてきた集落の類型として、高地性集落が挙げられる。 高地性集落は、弥生時代中期後半?末（IV期後半?末）、そして後期中葉?末（V期中葉?末）に瀬戸内沿岸から大阪湾にかけて頻繁に見られるもので、弥生時代の一般的な集落からみて遙かに高い場所（平地からの比高差が50?300メートル以上）に営まれている集落のことである。 北部九州から北陸・中部・東海地域などといった広い範囲に分布する。1970年代までは、畿内IV期がおおよそ北部九州の後期前半、畿内V期が後期後半に併行するとされ、実年代では紀元50年?250年ごろに比定されていた。 史書にある、いわゆる倭国大乱は、各種の史書に記載された年代がおおよそ2世紀後半?末に当たり、当時の年代観ではおおよそ畿内IV期末?V期前半期に該当していた。 このため、高地性集落の盛行は倭国大乱を原因とするものだという理解が主流であった。しかし、畿内と九州の年代の併行関係が是正されると、倭国大乱は畿内V期後半?末に該当し、畿内IV期の高地性集落とは時代的に整合的でないとされ、これらは倭国大乱とは無関係とする意見が主流を占めるようになった。 このため、畿内IV期の高地性集落については、この時期に史書には記載されない戦乱があったという主張の他に、背景に戦乱を想定する必要はないという意見も見られるようになった。特に後者の場合、見晴らしがよい立地に住むことで、海上交通の見張り役となっていたとか、畑作を主とする生活をしていた集団であって水田耕作に有利な低地に住む必要がなかったなどといったさまざまな議論が行われており、未だ決着はついていない。 一方、後期後半期の近畿の高地性集落（大阪府和泉市観音寺山遺跡、同高槻市古曾部遺跡などは環濠を巡らす山城）については、その盛行期が、上述の理由から北部九州・畿内ともおおよそ史書に記載された倭国大乱の年代とほぼ一致することから、これらを倭国大乱と関連させる理解が主流を占めているようである。